西暦2042年、地球上では突如現れた未知の巨大生物「擬態獣」と、世界各国で開発されていた巨大ロボット達との戦いが繰り広げられていた。　　日本のスーパーロボット「ゴーダンナー」のパイロット・猿渡ゴオは後に「巨神戦争」と呼ばれるボス擬態獣との決戦において、パートナーであり恋人でもあったミラ・アッカーマンを失ってしまう。だが、ゴオはそれと引き換えに、1人の少女の命を救っていた。その少女の名は、葵杏奈。　　辛くも人類は戦いに勝利し、5年の歳月が流れた。しかし、世界各地ではまだ擬態獣の亜種が生き残っており、スーパーロボット達との戦いは続いていた。17歳の高校生となった杏奈はゴオと再会して恋に落ち、いつしか2人は結婚を決意する。だが結婚式当日、日本に擬態獣が出現。ゴオは式を途中で中断し、ゴーダンナーで出撃する。　　しかし、杏奈はただ夫の帰りを待っているだけの女の子ではなかった! 杏奈はゴーダンナーのパートナーロボット「ネオオクサー」に乗り込み、自身も擬態獣との戦いに身を投じる! 果たして、2人は無事結婚することが出来るのか! そして、世界の平和を守ることが出来るのか!

杏奈がダンナーベースを出て行ってから3ヶ月が過ぎた…。3ヶ月前に大量発生した擬態獣との戦いは、ゴオ＆ミラの活躍によって終息を迎えつつあった。しかし、ミラは原因不明の病によって気を失うことが多くなっていた。 そんな中、擬態獣の出現によりゴーダンナーは危機的状況に…。最後の望みをかけて静流は杏奈を迎えに行くが…。果たして、杏奈はゴーダンナーのピンチを救い、再びダンナーベースに戻れるのか！？そして、封印から目覚めたロボットが今動きだす！！

1945年、5月1日……德国。在陷落的柏林，一些人正在进行某个仪式。　　对他们来说在战争中败北不过是鸡毛蒜皮的小事，甚至还将在战争中产生的大量牺牲者作为仪式的触媒献为祭品。　　他们的尝试成功了还是失败了，没有人知道。　　他们在战后隐藏了行踪，不知是生是死，甚至让人无法确定他们是否真实存在过，无人知道真相，只有传言传播。　　圣枪十三骑士团——纳粹德国的黑暗中诞生的超人们。　　他们终将回归。其时世界将破灭。故，决不可允许他们的再来——这样一个传言。　　然后61年的时光流逝。知道他们的存在的人，大部分已经死亡，众人忘记了他们。　　然而——　　2006年……日本。就读諏訪原市的学园的藤井蓮，在某事件之后与好友・遊佐司狼决裂，仿佛厮杀般干架的结果是两个月的被迫入院生活。　　季节由秋转冬——圣诞临近的12月。　　怀着仿佛半身被夺的丧失感，退院的蓮想着要重新构筑没有司狼的崭新日常生活。　　往者不可追。那么，至少要珍惜如今手中之物……　　但是，连这个愿望也分崩离析。　　每晚梦见的断头台的噩梦。狩猎人头的杀人犯。追杀他的黑衣“骑士”们。超越常识的不条理覆盖城市，逐渐侵蚀。　　这份异常完全不是两个月前能相比的，暴力到粉碎至今为止积累而成的全部事物的非日常。　　不改变的话，没法活下去。不活下去的话，没法回去。　　在以加速度疯狂下去的世界中心，蓮独自跨过日常与非日常的界线。　　并没有期望什么了不得的事。也不是想高举正义与大义的旗帜。　　只是，想回去而已。回到没趣、无聊然而平凡、温暖的那段时光。　　胸怀悲壮的决意，司狼的声音回响。　　只要还在这个城市，无论是谁迟早都要疯掉——他如是说。　　与圣枪十三骑士团的战斗。充满狂气与杀戮与诅咒的战争的连续。　　在那尽头，蓮究竟将会看到什么呢。

故事发生在黑手党出没的意大利。表面上，“社会福祉公社”是一间专门收容孤苦少女的福利院，但在背地里，他们却以杀手为目标训练这些肢体残缺的女孩。他们将少女们洗脑后进行肢体改造和实战训练，经过改造的女孩们，成为了不折不扣的杀人兵器。其中，要数海瑞塔（南里侑香 配音）、莉可（三桥加奈子 配音）、崔耶拉（仙台惠理 配音）、克拉耶斯（小清水亚美 配音）和安琪莉可（寺门仁美 配音）五人最为优秀。每个少女都配有一个年长男性作为辅佐官照顾其生活起居。虽然身份是杀手，但她们对自己的辅佐官都有着深厚的信任和感情。　　少女们的敌人，是被称为“五共和国派”的恐怖组织，他们为了争取自由独立犯下了不择手段的罪行。少女们无法逃脱死亡的悲伤命运，残酷的战斗中，处处显现出这些无依无靠的“工具”们悲哀的身影。

故事舞台是在现代的意大利都市，政府机关“社会福祉公社”表面上是收容重伤残障的少女给予医治和帮助职业训练的福利机构，但实际上是将收容的少女加以义体改造并投入药物加以洗脑制约使其成为对抗恐怖份子的尖兵。每位少女都搭配一位辅佐官，而这组合称为“fratello”是意大利语中“兄妹”之意，每位少女对其辅佐官都有制约造成的混合了爱情及亲情的绝对忠诚。跟社会福址公社敌对的恐怖组织是被称为“五共和国派”的组织。该组织的政治诉求，是响应以意大利北部为据点的“北部同盟”（Lega Nord）党首Umberto Bossi所提倡，意大利北部8省与中部3省（包括托斯卡纳（Toscana），翁布里亚（Umbria），马尔凯（Marche））应该自意大利共和国分离独立的主张，并依此实行武装抗争运动的组织（但在现实中的意大利并无此组织，真实存在的北部同盟也不支持恐怖活动）。

精灵和人类，以及神曲。　　只是以这三个部分所组成世界“POLYPHONICA”为背景的故事。人与精灵共存，同时精灵也拥有着力量，两者所生活的大陆——POLYPHONICA。人们依赖着精灵所带来的奇迹，精灵也以人类所奏的音乐为食量，在这个世界所有的物质以及一切地方发挥着她们的力量。精灵被音乐家所弹奏的音乐操控，发挥着力量。那些能弹奏特殊音乐的人们被称为“神曲乐士”，有着无尚的尊荣。平时虽然有着隐身的精灵们，但一部分有力量的精灵会以人类或者动物等姿态实体化，同时作为人类的“好朋友”融入社会生活中。　　作为这个故事的主人公塔塔拉•弗洛恩，是培养神曲乐士的弗德神曲学院的学生。虽然无意间与最强的精灵寇缇卡露特缔结了契约，但却因演奏不了重要的神曲处于难以晋级的危险状态。故事描述了学院生活中，寇缇卡露特与塔塔拉•弗洛恩两人间的爱情及成长。

POLYPHONICA是一个被称为“精灵”的生命也存在的异世界。与地球上存在的世界同属于平行世界，从地球被POLYPHONICA大陆传唤的人类也在这个世界生活。POLYPHONICA大陆的科学水平是地球的现代～近未来的水准，与地球现代科学产物同样的东西也基本存在以外，所谓的未来城市也一样存在。与之平行的是，借助演奏“神曲”的精灵力量这样的技术体系也同时发展着。似乎在这个世界隐藏着极大的秘密，精灵和人类不知不觉就面临着真相揭晓的那个时候……

在东京的教会大学「立明教学园」上学的男主角水村心太，自少便成为孤儿的他，与自己幼驯染槙村千鹤一同上学，过著平凡普通的学园生活。可是某一天，一位罗马尼亚的混血女生岸本莉莉丝却突然转入「立明教学园」并使心太的生活产生了急剧的转变。原来，心太本身不但是一名吸血鬼猎人，而且还是雷莫德一族(就是吸血鬼猎人中最盛名者)的唯一继承者，与身份充满谜团的莉莉丝，两人的命运将使他们作出残酷的选择。

某一日机缘巧合之下，普通的中学生一桥友里惠（峰香织 配音）居然成为了法力高强的神！友里惠在第一时间将这一好消息告诉了好友四条光惠（峰香织 配音）和三枝祀（森永理科 配音），没想到自己的兴高采烈换来的却是朋友的冷漠相对，气愤的友里惠和朋友们打赌，要用神迹来证实她的身份。台风的来袭证明了友里惠的话，也给城市带来了不小的麻烦，这让友里惠明白了，越是高强的能力，就越要小心的使用。　　神也要恋爱呀，在友里惠的眼里，二宫健儿（宫崎一成 配音）就是那个集万千有点为一身的他。对待感情有些笨拙的友里惠能否如有神助的对二宫健儿坦白自己的心情呢？

操作赛艇的“推进手”与使用水枪攻击对手的“射手”两人一组乘坐摩托赛艇，横越水面的运动“喷射竞速”成为主流的世界。母亲是传说中的推进手，自己也梦想成为喷射竞速选手的波黄凛，离开故乡所在的岛，来到了东京浅草。她在那里遇到了冰山美少女苍井美沙，两人成为了搭档。她们在与对手们展开竞争的同时，也逐渐加深着彼此的牵绊。